O mundo enfrenta uma crise sem precedentes quando um grupo de malfeitores começam a acabar com todas as reservas de água no planeta. Para piorar a situação, o perverso vilão Botijola pretende transformar a bebida que leva seu nome em uma substituta para a água natural, e para isso, ele precisa se livrar dos agentes secretos mundiais, que estão reunidos numa tentativa de solucionar e descobrir os causadores do caos mundial da água. Após arrasar com os agentes, Botijola necessita ainda de um milagroso aparelho inventado pelo gênio científico da T.I.A., o Profº Bactério, para levar seu plano adiante. Mas Bactério esconde as peças de sua máquina em diferentes períodos da história, graças a uma máquina do tempo. Cabe agora aos únicos agentes que sobraram, Mortadelo e Salaminho, resgatar o aparelho, com a mesma máquina do tempo, e frustrar os planos malignos de Botijola. A questão é se os dois atrapalhados agentes vão conseguir realizar sua missão sem bagunçar a história, e ainda serem capazes de encontrar e devolver as reservas de água roubadas do mundo.